Magazyny są istotnym działem programu RSAnakonda. Pozwalają one na sprawne zarządzanie placówkami, w których składowane są artykuły związane z działalnością firmy użytkownika. Magazyny umożliwiają także porządkowanie w prosty sposób wszelkich dokumentów związanych z przyjmowaniem bądź wydawaniem towarów magazynowych. Dostęp do tego działu mają tylko operatorzy, którym administrator systemu nadał uprawnienia do magazynów i dokumentów magazynowych (patrz rozdział: Administracja. Operatorzy. Uprawnienia do magazynów. oraz Administracja. Operatorzy. Uprawnienia do dokumentów magazynowych).
Aby wejść do tego działu należy w oknie głównym programu wcisnąć klawisz <F4> albo wybrać myszką przycisk Magazyny:
Po wykonaniu powyższej czynności program przeniesie nas do kolejnego okna, zawierającego przyciski: "Magazyny", "Dokumenty magazynowe", "Spis z natury" "'Przeceny", "Dostawy","Intrastat" "Zamówienia dostawcy", "Analiza stanów","Rezerwacje","Obroty/wyszukiwanie".