W systemie istnieje również możliwość wystawienia korekty wystawionej wcześniej faktury zaliczkowej co pozwala np. na anulowanie całej zaliczki lub jej części.

Korekta taka możliwa jest wyłącznie z wyznacznikiem, który w swojej definicji ma oznaczony typ 'FZ' (faktura zaliczkowa):

Dodawanie korekty zaliczki jest analogiczne do dodawania standardowej faktury korygującej. Istotne jest aby faktura korygowana była fakturą zaliczkową, w której pozostała jeszcze jakaś kwota do rozliczenia.

Wybranie faktury innej niż zaliczkowa lub faktury zaliczkowej całkowicie rozliczonej skutkuje wyświetleniem odpowiedniego komunikatu i zablokowaniem dodawania korekty.

Modyfikacja danych w pozycjach korekty zaliczkowej odbywa się na tych samych zasadach co w standardowej fakturze korygującej. Dodatkowo system kontroluje czy kwota do zwrotu nie przekracza kwoty pozostałej do rozliczenia w korygowanej fakturze zaliczkowej.

Podczas zamykania korekty zaliczki w fakturze korygowanej aktualizowana jest kwota pozostała do rozliczenia zaliczki. Zostaje ona pomniejszona o kwotę do zwrotu w zamykanej korekcie zaliczki.

Informacja, ze jest to faktura korygująca zaliczkę pojawia się również na wydruku dokumentu: