Kluczowym zagadnieniem związanym z bezpieczeństwem danych jest zaimplementowany system uprawnień do obiektów systemu. Kontrola uprawnień występuje na poziomie klienta aplikacji i jest dublowana na poziomie serwera. Redundancja kontroli uprawnień wymuszona została poprzez fakt, ze system Anakonda jako system otwartoźródłowy podatny jest na zmianę kodu. W praktyce, użytkownik może dowolnie modyfikować klienta systemu Anakonda. Nie może jednak modyfikować źródeł serwera Anakondy w przypadku, gdy nie dostał uprawnień do logowania się na serwerze.

System uprawnień – klient

Kod klienta systemu Anakonda umożliwia filtrowanie dostępu do poszczególnych obiektów systemie. W praktyce oznacza to, że użytkownik w swoim interfejsie programu ma „wyszarzone”, nieaktywne kontrolki i guziki.

System uprawnień – serwer

Te same uprawnienia co w kliencie badane są również na poziomie serwera Anakondy. To wyklucza możliwość stosowania preparowanych klientów systemu do ataków na dane systemowe. Do kodu serwera Anakondy dostęp ma tylko wąskie grono operatorów. W praktyce jest to administrator systemowy i administrator aplikacji.