Anakonda została zaprojektowana w sposób separujący przetrzymywane w bazie danych obiekty od użytkowników. System oparty na trójwarstwowej architekturze składa się z warstw:

Klienci wysyłają żądania pobrania lub modyfikacji danych do serwera Anakondy i tylko serwer łączy się bezpośrednio z bazą danych. Serwer również odpowiedzialny jest za przygotowanie danych do wyświetlenia przez klienta. W praktyce, klient systemu służy do wysłania zapytań i do wizualizacji otrzymanych danych.